Que patologías o enfermedades podrían convertirse en una contraindicación de una endodoncia?
Básicamente no hay ninguna patología de orden general que pueda convertirse en una contraindicación absoluta de la endodoncia, por lo menos que yo conozca...., lo que si existen son patologías que pueden requerir una preparación previa del paciente para que el tratamiento se haga en las condiciones mas óptimas posibles.
     La primera patología que podría plantearse como una contraindicación relativa a la endodoncia es la existencia de una patología periodontal avanzada y que el paciente no este interesado en tratar, ya que no tendría sentido tratar endodónticamente una pieza dentaria que no tendrá un futuro predecible desde el punto de vista periodontal.
     Las patologías cardiacas que cursan con soplos patológicos o pacientes que hayan padecido fiebre reumática deberán recibir una cobertura antibiótica para evitar la colonización bacteriana del endocardio, mas importante aún si se trata de realizar una endodoncia a una pieza que posee una necrosis pulpar.
     Los pacientes que posean alteraciones de la coagulación sanguínea también deberán adecuar su estado hemático acorde con el tratamiento que va a realizarse.
     Los pacientes con alteraciones psicológicas podrán ser tratados previa revisión siquiátrica y adecuación de las dosis de medicamentos que el paciente este tomando.
Existen otras patologías  donde deberán tomarse algunas precauciones, por lo que es importante que informe al profesional que lo va a tratar de las enfermedades que tenga o que haya tenido y que usted crea sean importantes, o de la misma manera si esta tomando alguna medicación de modo continuado o transitorio se lo haga saber al odontólogo antes de comenzar con el tratamiento.

Cuales son los "efectos adversos" de una endodoncia?
Habrá notado que dice efectos adversos entre comillas, ya que no existen los efectos adversos en endodoncia, o al menos no es perjudicial para nadie que se le realice una endodoncia, siempre y cuando la pieza dentaria requiera del tratamiento endodóntico.
Podría afirmarse que la endodoncia debilita la estructura dentaria y no se estaría diciendo ninguna mentira, ya que sí, es cierto, la endodoncia debilita la estructura dentaria, pero que otro remedio queda..., el tejido nervioso hay que eliminarlo porque está inflamado y/o infectado y  no hay forma (al menos por ahora) de desinflamarlo o desinfectarlo sin eliminarlo, y como eliminarlo sin eliminar parte del tejido dentario que cubre el diente?, imposible. 
los tratamientos endodónticos debilitan la estructura dentaria por dos razones: 1) porque como dijimos hay que quitar parte del tejido dentario para poder llegar hasta el nervio dental y así eliminarlo, y 2) porque al quitar el tejido nervioso estamos eliminando conjuntamente el tejido vascular, es decir la irrigación sanguínea del diente, con lo cual, la dentina, tejido que en condiciones normales es encargado de otorgar cierta elasticidad al diente se convierte en un tejido frágil, sin la elasticidad que lo caracteriza en condiciones normales, por lo que el diente se torna mas propenso a sufrir fracturas.
Pero bueno... esto tiene solución, ya que luego de tratar endodónticamente una pieza dentaria hay maneras de restaurarla devolviéndole totalmente su función y su estética.

Y con respecto al cambio de coloración?. Se espera un leve cambio de coloración en las piezas tratadas endodónticamente, un cambio de coloración que consiste solo en la pérdida del brillo sin cambio en la tonalidad del color en si. Aquellos dientes que habrá escuchado: - Con los años se me fue poniendo oscuro..., se debe a que hubo una gota de sangre que mojo el tejido dentario y tal vez no fue lavado correctamente en el momento de hacer la endodoncia¡, o a que la restauración que se colocó en la pieza a la cual previamente se le había realizado una endodoncia filtraba (es decir que no era hermética) con lo cual la pieza se fue oscureciendo por el acumulo de sustancias pigmentadas. Pero como sea que haya ocurrido, es un accidente y no es que todas las endodoncias vayan a oscurecerse con el tiempo, de todos modos existen sustancias que colocadas dentro de la misma perforación que se hizo para abordar el tejido nervioso pueden lograr en un periodo de tiempo muy corto que la pieza vuelva a su color original.